关于实验研究和理论研究的一个故事

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前些天,在一个讲座上,听到一个做生物物理的教授讲他研究的内容,他是理论物理出身,所以自然是做理论的。主要讲他关于multicellular modelling的部分工作,在讲座过程中他说到有三个在devolopment biology里面做的非常好的实验室,而且方向相同,但是奇怪的是,三个实验室之间从来不互相交流。更有意思的是这个教授跟这三个实验室的PI关系都很好,而且问每个PI关于其他两个实验室的时候,都表示很了解其余两个实验室的工作。但是研究中的各种好的想法,他们都知无不言的跟这个教授讨论。结果,这个教授讨论的时候,就经常把跟其他实验室讨论的方法和结果不经意的提及。。。听到这个我笑死了。

最后教授有个结论是:如果你是一个理论研究者,没有人(实验研究者)会认为你是一个威胁。

哈哈哈哈哈

为什么人生的路越来越窄?-1980年5月《中国青年报》

淞 Posted in 他山之石,可以攻玉, 理想主义没钱图, 這他娘的是個甚麼事兒啊!
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我今年23岁,应该说才刚刚走向生活,可人生的一切奥秘和吸引力对我已不复存在,我似乎已走到了它的尽头。回顾我走过来的路,是一段由紫红到灰白的历程;一段由希望到失望、绝望的历程;一段思想长河起于无私的源头而终以自我为归宿的历程。 过去,我对人生充满了美好的憧憬和幻想。小学的时候,我就听人讲过《钢铁是怎样炼成的》和《雷锋日记》。虽然还不能完全领会,但英雄的事迹也激动得我一夜一夜睡不着觉。我还曾把保尔关于人生意义的那段著名的话:“人的一生应当这样度过:当回忆往事的时候,他不会因为虚度年华而悔恨,也不会因为碌碌无为而羞愧……”工工整整地抄在日记本上的第一页。日记本记完了,我又把它抄在第二个本上。这段话曾给我多少鼓励呀。我想,我爸爸、妈妈、外祖父都是共产党员,我当然也相信共产主义,我将来也要入党,这是毫无疑义的。

  后来我偶然看到一本过去出的小册子《为谁活着,怎样做人》。我看了又看,完全被迷住了。我开始形成了自己最初的、也是最美好的对人生的看法:人活着,就是为了使别人生活得更美好;人活着,就应该有一个崇高的信念,在党和人民需要的时候就毫不犹豫地献出自己的一切。我陶醉在一种献身的激情之中,在日记里大段大段地写着光芒四射的语言,甚至一言一行都模仿着英雄的样子。

  可是,我也常隐隐感到一种痛苦,这就是,我眼睛所看到的事实总是和头脑里所接受的教育形成尖锐的矛盾。在我进入小学不久,文化大革命的浪潮就开始了,而后愈演愈烈。我目睹了这样的现象:抄家、武斗、草菅人命;家里人整日不苟言笑;外祖父小心翼翼地准备检查;比我大一些的年轻人整日污言秽语,打扑克、抽烟;小姨下乡时我去送行,人们一个个掩面哭泣,捶胸顿足……我有些迷茫,我开始感到周围世界并不像以前看过的书里所描绘的那样诱人。
  我问自己,是相信书本还是相信眼睛,是相信师长还是相信自己呢?我很矛盾。但当时我还小,我还不能对这些社会现象进行分析。况且过去的教育赋予了我一种奇怪的能力,这就是学会把眼睛闭上,学会说服自己,学会牢记语录,躲进自己高尚的心灵世界里。可是,后来就不行了,生活的打击向我扑来。那年我初中毕业,外祖父去世了。一个和睦友爱的家庭突然变得冷酷起来,为了钱的问题吵翻了天。我在外地的母亲竟因此拒绝给我寄抚养费,使我不能继续上学而沦为社会青年。我真是当头挨了一棒,天呵,亲人之间的关系都是这样,那么社会上人与人的关系将会怎样呢?我得了一场重病。病好后,借助几个好同学的力量,给街道办事处写信,得到了同情,被分配在一家集体所有制的小厂里,开始了自食其力的生活。那时候,我仍然存在着对真善美的向往,也许家庭的不幸只是一个特殊的情况,我现在已经踏上了生活,生活还是充满诱惑力的,她在向我招手。

  但是,我又一次失望了。

  我相信组织。可我给领导提了一条意见,竞成了我多年不能入团的原因……
  我求助友谊。可是有一次我犯了一点过失时,我的一个好朋友,竞把我跟她说的知心话悄悄写成材料上报了领导……
  我寻找爱情。我认识了一个干部子弟。他父亲受“四人帮”迫害,处境一直很惨。我把最真挚的爱和最深切的同情都扑在他身上,用我自己受伤的心去抚摸他的创伤。有人说,女性是把全部的追求都投入爱情,只有在爱情里才能获得生命的支持力。这话不能说没有道理。尽管我在外面受到打击,但我有爱情,爱情给了我安慰和幸福。可没想到,“四人帮”粉碎之后,他翻了身,从此就不再理我……
  我躺倒了,两天两夜不吃不睡。我愤怒,我烦躁,我心里堵塞得像要爆炸一样。人生呵,你真正露出了丑恶、狰狞的面目,你向我展示的奥秘难道就是这样!?

  为了寻求人生意义的答案,我观察着人们,我请教了白发苍苍的老人,初出茅庐的青年,兢兢业业的师傅,起早摸黑的社员……可没有一个答案使我满意。如说为了革命,显得太空不着边际,况且我对那些说教再也不想听了;如说为名吧,未免离一般人太远,“流芳百世”“遗臭万年”者并不多;如说为人类吧,却又和现实联系不起来,为了几个工分打破了头,为了一点小事骂碎了街,何能侈谈为人类?如说为吃喝玩乐,可生出来光着身子,死去带着一副皮囊,不过到世上来走了一遭,也没什么意思。有许多人劝我何必苦思冥想,说,活着就是为了活着,许多人不明白它,不照样活得挺好吗?可我不行,人生、意义,这些字眼,不时在我脑海翻腾,仿佛脖子上套着绞索,逼我立即选择。

  我求助人类智慧的宝库——拼命看书,希望从那里得到安慰和解答。我读了黑格尔、达尔文、欧文的有关社会科学方面的著述;读了巴尔扎克、雨果、屠格涅夫、托尔斯泰、鲁迅、曹禺、巴金等人的作品。可是,看书并没有使我从苦恼中得到解脱。大师们像刀子一样犀利的笔把人的本性一层层地揭开,让我更深刻地洞见了人世间的一切丑恶。我惊叹现实中的人与事竟和大师们所写的如此相像,不管我沉陷在书本里还是回到现实中来,看到的都是一个个葛郎台、涅赫留道夫式的人物。我躺在床上辗转反侧,想呀,使劲地想,苦苦地想。慢慢地,我平静了,冷漠了。

  社会达尔文主义给了我深刻的启示。人毕竟都是人哪!谁也逃不脱它本身的规律。在利害攸关的时刻,谁都是按照人的本能进行选择,没有一个真正虔诚地服从那平日挂在嘴头上的崇高的道德和信念。人都是自私的,不可能有什么忘我高尚的人。过去那些宣传,要么就是虚伪,要么就是大大夸大了事实本身。如若不然,请问所有堂皇的圣人、博识的学者、尊贵的教师、可敬的宣传家们,要是他们敢于正视自己,我敢说又有几个能逃脱为私欲而斗争这个规律呢?!过去,我曾那么狂热地相信过“人活着是为了使别人生活得更美好”,“为了人民献出生命也在所不惜”。现在想起来又是多么可笑!

  对人生的看透,使我成了双重性格的人。一方面我谴责这个庸俗的现实;另一方面,我又随波逐流。黑格尔说过:“凡是现实的都是合理的,凡是合理的都是现实的。”这几乎成了我安抚自己、平复创伤的名言。我也是人。我不是一个高尚的人,但我是一个合理的人,就像所有的人都是合理的一样。我也挣工资,我也计较奖金,我也学会了奉承,学会了说假话……做着这些时,我内心很痛苦,但一想起黑格尔的话,内心又平静了。

  当然,我不甘心浑浑噩噩、吃喝玩乐了此一生。我有我的事业。我从小喜欢文学,尤其在历尽人生艰辛之后,我更想用文学的笔把这一切都写出来。可以说,我活着,我现在所做的一切,都是为了它——文学。

  然而,似乎没有人能理解我。我在的那个厂的工人大部分是家庭妇女,年轻姑娘除了谈论烫发就是穿戴。我和他们很难有共同语言。他们说我清高,怪癖,问我是不是想独身。我不睬,我嫌他们俗气。与周围的人格格不入,常使我有一种悲凉、孤独的感觉。当我感到孤独得可怕时,我就想马上加入到人们的谈笑中去;可一接近那些粗俗的谈笑,又觉得还不如躲进自己的孤独中。

  我自己知道,我想写东西不是为了什么给人民做贡献,什么为了四化。我是为了自我,为了自我个性的需要。我不甘心社会把我看成一个无足轻重的人,我要用我的作品来表明我的存在。我拼命地抓住这惟一的精神支柱,就像在要把我吞没的大海里死死抓住一叶小舟。

  我体会到这样一个道理:任何人,不管是生存还是创造,都是主观为自我,客观为别人。就像太阳发光,首先是自己生存运动的必然现象,照耀万物,不过是它派生的一种客观意义而已。所以我想,只要每一个人都尽量去提高自我存在的价值,那么整个人类社会的向前发展也就成为必然的了。这大概是人的规律,也是生物进化的某种规律——是任何专横的说教都不能淹没、不能哄骗的规律!

  按说,一个人有了事业,就会感到充实、快乐、有力量。可我却不是这样,好像我在受苦,在挣扎,在自己折磨自己。我处处想表现出自己是强者,可自知内里是脆弱的;我工资很低,还要买大量的书和稿纸,这使我不得不几角钱几分钱地去算计……我有时会突然想到,我干嘛非要搞什么事业,苦熬自己呢?我也是一个人,我也应该有一个温暖幸福的小家庭,去做一个贤惠的妻子、慈爱的母亲。再说,我真能写出什么来吗?就算是写出来了,几张纸片就能搅动生活,影响社会?我根本不相信。

  有人说,时代在前进,可我触不到它有力的臂膀;也有人说,世上有一种宽广的、伟大的事业,可我不知道它在哪里。人生的路呵,怎么越走越窄,可我一个人已经很累了呀,仿佛只要松出一口气,就意味着彻底灭亡。真的,我偷偷地去看过天主教堂的礼拜,我曾冒出过削发为尼的念头,甚至,我想到过死……心里真是乱极了,矛盾极了。

  编辑同志,我在非常苦恼的情况下给你们写了这封信。我把这些都披露出来,并不是打算从你们那里得到什么良方妙药。如果你们敢于发表它,我倒愿意让全国的青年看看。我相信青年们的心是相通的,也许我能从他们那里得到帮助。

  潘晓

最近一些天的胡思乱想

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这些天每天都在听BBC global news的Podcast,主要的焦点就是欧洲债务危机和美国占领华尔街运动,欧洲债务危机从希腊开始现在蔓延到大部分欧元区,而且貌似在不断恶化,欧元区可能会有很长时间的萧条吧。欧洲的国家实际上就很难统一起来,尽管成了联合体,实际上却是貌合神离。欧洲国家过惯了富贵日子了现在要过一阵苦日子了。顺便,我觉得中国政府应该多学学德国政府,尽管德国政府被指责太自私,不可否认的是人家的经济政策是非常理性的,这至少说明一个道理,实体经济永远都是最值得依靠的,相反,假如没有合适的约束机制,金融业和银行主导的经济注定会走向虚假繁荣和危机,这是摆脱不掉的后果。工科的同学们可以得到一点慰藉,比起金融的人来说,他们是在创造实实在在的生产力,他们做的好一点整个社会就好一点。而搞金融的人得到局部优化(多数情况下)不是全局优化。这估计也是占领华尔街运动出现的原因之一吧。关于占领华尔街运动,我一开始还觉得这个东西不会有啥大的影响,不过看到美国的政治形势烂得一塌糊涂,我现在倒觉得有可能影响会更大一些,对比一下英国的政治和美国的政治就能看出美国政治的问题,即便很多人都知道美国政治中存在的问题,能不能改变和解决这些问题还很难说,因为这些问题正好也是阻碍其改变的问题。只有能够自我适应(self-adaptable)的体制才可以继续存在下去,如果不能改变,占领华尔街运动会继续扩大,后果很严重哦。

这两件事都说明了一个不变的真理:出来混总是要还的。

结果还是用了最蠢的办法来终结校内

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因为发现淫淫网已经严重影响了我的时间分配,这个问题不解决估计会影响下半辈子,我尝试过了很多种方法,依然没办法戒掉。话说也奇怪,我对于游戏的欲望能控制,对于电影和动漫的欲望也能控制,对于不睡觉的强迫症也能控制,唯独这个SNS,曾经设定程序让我无法访问,在浏览器里block掉,让同学帮忙改掉密码不告诉我,注销掉,结果都失败了。于是我不得不来点狠招,我把密码换了一个完全不规律的序列,然后把邮箱注销掉。

应该账户还在,但是谁也无法登录了。。。不过估计博客的文章貌似还会继续导入人人网的日志里。。。悲剧的不能看到回复了。。。

不过也无所谓了,以后多发博客,不上人人,非死不可和推特更好一点。。。

还有就是我在心灵上看到有一篇帖子说安拿芬尼很强大之类的,不过貌似是处方药,现在貌似很难搞到吧

ps:手机发博客真方便。

Peter Swain貌似也做出了一个rule-based modeling的软件

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这个实在是太杯具了。。。

现在大概算起来应该有三四个大的团体在做相关的东西,大概都分布在Harvard System Biology Center, Los Alamos National Laboratory, U of Edinburgh, 貌似Harvard有一群人recruit了好几百万美元在boston开了一个专门的公司做这个,大概都是以rule-based modeling为基础,虽说最初提出rule-based modeling方法来model signal transduction system的是 Los Alamos 国家实验室这边,不过貌似这两年已经越来越多的competitors了,每次有相同领域的人发了相关的文章,都感觉鸭梨又增加了一些。。。

导师也不淡定了,其实这个东西前年就已经开始了,只不过我因为非CS专业,coding确实不给力,另外,我毕业就直接去KAUST了,导致研究算是中断了。还好孟新同学又从头把程序做出来了。他coding比我强太多了。

最近几天讨论了也挺多,后续的东西还有不少,看来鸭梨还是要背负比较长一段时间。

这个也说明,对于signal transduction system,大家都认为rule-based modeling是一个突破口,比起传统方法要更reliable和convincing一些。

弱智儿童欢乐多啊~~~

淞 Posted in 這他娘的是個甚麼事兒啊!
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今天遇到一件很有意思的事情,让我苦笑不得。

按照计划,我带着学校给订好的电子机票回家。早晨6:17就醒了,然后洗了个澡,就提起东西出门了,下楼以后想起笔记本没有带,遂又回PICB去带笔记本,然后7点钟去肇家浜路站坐地铁9号线,边听歌边想回家的事情。车里看到的大部分都是早起的上班族,一部分昏昏欲睡,另一部分吃早餐,各种醋味、包子味、车里的机油味和某些女的身上散发出的刺鼻的香水味混在一起。。。厄。。。还好早上没有吃东西,不然就真的忍不住了。在9号线上强忍着恶心的气味挨到世纪大道站,然后下车转2号线,下了9号线只过了半个多小时,心想还早着呢,于是心情顿时愉快。换的2号线那般车等了几分钟,结果只能坐到张江高科的前一站,于是下车等下一辆车,这辆车还需要在龙阳路转车才是去浦东机场的。就在到龙阳站的前一分钟,神奇的事情出现了,我也不知道为啥要去看一下电子机票,于是看到上面写着
Aug 26th
看看表,
嗯,今天是26号
10:05
嗯,还有两个多小时,时间足够了(从龙阳站到机场只需要半个小时差不多就够了)
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嗯,于是把电子机票折起来放到书包里。

正好到了龙阳站了,我出门的一刹那,脑子里闪过 PVG 的字样。。。突然有种不详的预感,我一边想一边还在朝上走,登了两级台阶,仔细想了一下,出发的机场的简称怎么不是 PVG 呢? 于是马上又回到车上,掏出机票仔细看了看,心想,杯具了,估计是虹桥机场,前几天我查看机票都看了十几次了,我一直都没想到去查看这个地方,然后掏出手机赶紧发短信给何同学,谢天谢地,他没在我走了以后接着睡,然后帮我查了一下,果然应该是虹桥机场。这个时候我身后的一个小loli开始肆无忌惮的笑话我,然后我回过头去,朝她腼腆的笑了一下,感觉人生顿时黯淡了。其实我心底里笑得都不行了,起伏跌宕的人生才真是给力啊~~~

当时已经八点十分,但是我突然感觉好杯具啊,虹桥机场怎么去啊,我还心里没底,以前去那边都是打的过去,不过知道是在江对岸,索性就先一直做二号线。于是还是问何同学,然后等了很久才受到短信(地铁里的信号几乎没有,我就靠每次到站开门的时候发送信息=。=),然后被告知二号线的另一端就是虹桥机场,我一瞅,我嘞个去,真是给力啊,果然是。不过还是担心了几次时间,因为到陆家嘴前一站的时候,线路忙,停了几分钟,我当时以为会出现徐同学去年碰到的那种情况,假如等上半个小时我岂不是还是要杯具的,另外等我到了虹桥机场的前一站还是要下车等后面的全程车,结果等了两个车次才等到全程的,于是顺利到达机场,到了机场还看错标识,上错电梯,又多绕了一圈,然后换登机牌,到登机口只提前了二十分钟,心里这个百感交集啊。。。

PS: 万幸的是没有坐出租车去浦东,不然上了高速又不能掉头,就彻底杯具了。。。

PPS: 顺利到达石家庄,于是要先感谢郭嘉,然后感谢精力旺盛的何同学,感谢这个stochastic world的randomness让我鬼使神差的看了看电子机票,还要感谢上海地铁的设计者,我爱上海地铁!!!

于石家庄机场

20100826